南沙群岛的考古工作始于上个世纪九十年代中前期，大陆、香港、台湾两岸三地以考古学家为主进行了较为系统、科学地调查和试掘工作。
（一）1992年南沙群岛考古调查
1992年5至6月，中央民族大学王恒杰教授在琼海渔民的帮助下，首次对南沙群岛进行了考古学调查。他从永登暗沙进入南沙群岛，途经北子岛外礁、南子岛外礁、道明群礁、郑和群礁及礁内的太平岛、福禄寺礁、大现礁、永暑礁、皇路寺礁、南通礁及北康暗沙、南康暗沙，最后到达曾母暗沙，并在永登暗沙、道明群礁、福禄寺礁、郑和群礁及太平岛礁、大现礁、皇路礁、南通礁等地点，获得了一批秦汉至明清的历代标本。主要包括：道明群礁、郑和群礁及太平岛礁的秦汉时期同心圆戳印纹、米字纹印纹硬陶瓮残片（与广东澄海龟山等地出土的同类器相同）及汉代“五铢”钱；永登暗沙的唐代小口四系陶罐、南薰礁及附近的唐代“开元通宝”等；郑和群礁及太平岛上的宋代龙泉窑、福建民窑瓷器残片、宋代熙宁重宝钱；皇路礁的熙宁重宝；福禄寺礁的元祐通宝、大德元宝钱；大现礁、南通礁的宋元时期青花瓷器和青白瓷器残片；道明群礁的明代景德镇“大明年造”、“成化年制”青花碗；郑和群礁及太平岛礁滩、皇路礁和南通礁的明清时期广东民窑瓷器残片、清代嘉庆通宝、道光通宝、咸丰通宝钱和清代铁锚。
南沙群岛出水铜钱与遗物
（二）1995年南沙群岛的两次考古调查
1995年5月11日至19日，王恒杰教授再次前往南沙进行考古调查。此次同行的除了三名琼海渔民及00351号渔船以外，还有香港无线电视台陈宝殉、张连登二位传媒工作者。此次考古调查原计划目的地是美济礁，后因故未能实施，但在郑和群礁西、鸿麻岛与南薰礁等地附近发现有不同历史时期的铜钱、青花瓷片若干。第二次南沙群岛考察虽然历时较短，所获文物规模不及上次，但此次考察仍具有非凡的意义。一方面保留了珍贵的影像资料，另一方面发现了与西沙群岛相似的青白瓷。
台湾“中央研究院”历史语言研究所陈仲玉先生于1995年4月13日至16日在南沙太平岛进行了为期四天的考古学调查。共发现7处陶瓷片遗物点和2处墓葬。采集的遗物以瓷器为主，包括白瓷、绿釉瓷和棕釉瓷等，可辨器形有盘、碗、杯、香炉等。此外，登记了两处墓葬的两块石碑。
