（三）20世纪90年代中后期至今：水下考古阶段
西沙群岛以往的考古工作的重点主要是进行岛屿沙洲的地面调查，尚未开展科学的专题性水下考古调查和发掘。如果说1996年的西沙群岛调查工作为日后开展大规模的西沙水下考古工作做好了前期工作的话，那么1998和1999年的西沙水下考古调查与试掘则真正拉开了西沙群岛水下考古工作的帷幕。
1．1998~1999西沙水下考古
1998年12月至1999年1月，原中国历史博物馆水下考古学研究室会同海南省文物保护管理办公室、广东省文物考古研究所等单位组成了西沙水下考古队，对西沙群岛水下文物进行了考古调查与试掘，这是我国水下考古工作者首次独立进行的远海水下考古活动。本次水下考古工作以北礁为主要工作地点，并在华光礁和银屿做了调查和试掘工作，共发现五代、宋、元、明、清各代水下文物遗存13处，共获得出水文物标本1500余件。本次考古调查与试掘，尤以华光礁Ⅰ号沉船遗址、北礁3号沉船遗址、北礁和银屿1号遗物点的收获最为重要。
华光礁一号沉船水下凝结物遗存
北礁四号水下遗存出水象牙
2．2007~2008华光礁1号沉船遗址第二次发掘
2007年和2008年，中国国家博物馆水下考古研究中心与海南省文物局等单位，再次对华光礁Ⅰ号沉船遗址进行发掘。发掘共分两个阶段进行：第一阶段2007年3月~5月，主要完成沉船遗址的全面揭露，逐层清理船内遗物和船体全面测绘；第二阶段2008年11月~12月，完成船体发掘，对船体构件进行编号测绘，分别提取运回海南省博物馆进行脱盐、脱水处理保护。
南海一号沉船与出水瓷器
本次发掘发现了华光礁Ⅰ号沉船船体，该船是我国目前在远海发现的第一艘古代船体，保存较好，结构基本清晰，船长20米，宽约6米，舷深3~4米，排水量大于100吨，船体覆盖面积约180平方米。出水标本近万件，绝大部分为陶瓷器，另有少量铜器、铁器和木器。陶瓷器包括青白釉、青釉、褐釉和黑釉几种，器形有碗、盘、碟、盒、壶、盏、瓶、罐、瓮、注子、军持和器盖等，纹饰主要是印花和划花图案。陶器为泥质灰陶，均素面，器形有小罐、四耳罐、瓶、擂钵等。这些陶瓷器主要产自南宋福建德化窑和晋江磁灶窑和江西景德镇。
