2005年
越南在行政版图调整中将我国西沙群岛和南沙群岛作为两个行政县编入越南庆和省的区划版图。
3月14日，中国海洋石油总公司、菲律宾国家石油公司及越南石油和天然气公司签署了为期3年的《在南中国海协议区三方联合海洋地震工作协议》。
2006年
3月，台湾开始启动在太平岛修建机场工作的进程，2006年10月和11月分批移防太平岛，并采用工兵自建方式，将太平岛原有中央道路拓宽、加厚，修建了长为1150米，宽为30米的大型军用机场跑道。
8月25日，中国依据《联合国海洋法公约》第298条规定，向联合国秘书长提交书面声明，对于《公约》第298条第1款（a）、（b）和（c）项所述的任何争端（即涉及海洋划界、领土争端、军事活动等争端），中国政府不接受《公约》第15部分第2节规定的任何国际司法或仲裁管辖。
12月25日，西沙工委组织召开西沙群岛永兴岛驻岛居民、渔民大会，选举产生3名村委会主任，管理永兴居民委员会。
2007年
1月19日，台湾“内政部”正式公告“东沙环礁国家公园计划书、东沙环礁国家公园计划图”，东沙环礁国家公园成为台湾地区首座海洋型国家公园。
4月，越南进一步划定了南沙部分油气招标区块，并称将与英国石油公司（BP）合作在南沙修建天然气输送管道，遭到中国严正抗议。6月，英国BP公司鉴于中国和越南存在领土争端，宣布停止在越南南部附近沿海勘探石油计划。
5月18日，中国与越南发表《中越联合新闻公报》。双方表示继续落实好《北部湾划界协定》和《北部湾渔业合作协定》，加快落实《北部湾协议区油气合作框架协议》，稳步推进北部湾湾口外海域的划界谈判并积极商谈该海域的共同开发问题。
2008年
2月2日，太平岛机场扩建工程完工，中国台湾地区领导人陈水扁乘飞机抵达该岛，主持了交用仪式，并提出四点“南沙倡议”。
7月20日，越南与美国埃克森—美孚公司达成了一项油气初步勘探合作协议，勘探地点位于南海中越争议海域。22日，中国外交部发言人表示，此举是对中国主权的侵犯，要求埃克森—美孚终止该协议。
2009年
2月17日，菲律宾国会通过《领海基线法案》，将中国的黄岩岛和南沙群岛部分岛礁划为菲律宾领土。
2月18日，中华人民共和国外交部就菲律宾国会通过《领海基线法案》发表声明，指出：“中国政府在此重申：黄岩岛和南沙群岛历来都是中国领土的一部分。中华人民共和国对这些岛屿及其附近海域拥有无可争辩的主权。任何其他国家对黄岩岛和南沙群岛的岛屿提出领土主权要求，都是非法的，无效的。”
3月10日，菲律宾总统阿罗约签署了第9552号共和国法案《领海基线法案》。
5月6日，越南和马来西亚两国共同向联合国提交南海南部200海里以外大陆架外部界限联合划界案。
5月7日，越南向联合国提交涉及南海北部的200海里以外大陆架划界案。
5月7日，中国常驻联合国代表团分别就6日马来西亚和越南联合提交的200海里以外大陆架划界案，以及7日越南提交的200海里以外大陆架划界案向联合国秘书长潘基文提交照会，阐明中国政府的严正立场，郑重要求大陆架界限委员会按相关规定不审议上述划界案。
5月12日，中国台湾“外交部”发布所谓《中华民国大陆礁层(即大陆架)外部界限声明》，强调无论就历史、地理及国际法而言，钓鱼岛列屿、南沙群岛、西沙群岛、中沙群岛、东沙群岛及其周边水域是“中华民国”固有领土及水域。
6月3日，中国国务院总理温家宝与马来西亚总理纳吉布会谈时指出，《南海各方行为宣言》应得到切实遵守。中马要加强对话与合作，妥善处理有关问题，共同维护南海地区和平与稳定。纳吉布表示，马方愿以国际法为指导，通过友好协商的方式解决南海问题。
11月8日，西沙永兴岛和赵述岛两个村召开了村民大会，选举成立了西南中沙群岛办事处永兴岛村委会和赵述岛村委会。
