1990年
1月22日～25日，印尼外交部研究和发展司以召集人身份在巴厘岛召开“南中国海潜在冲突”的第一次非正式研讨会。
12月13日，李鹏总理访问马来西亚期间就南沙问题指出：“南沙群岛是中国的领土，这是无可争辩的事实。”
1991年
4月，西沙永兴岛机场竣工。
5月11日，《中国南海诸岛工程纪念碑》在西沙永兴岛落成，正面铭文“南海诸岛沧桑千年，炎黄后代创业今朝”，记载了南海诸岛历来就是我国领土的雄辩史实，叙述了我国军民携手共建南沙永暑礁海洋观测站等南海诸岛工程的丰功伟绩。纪念碑背面是彩瓷镶嵌的南海诸岛全图。
5月29日～6月17日，海南省开展了首次西沙群岛资源综合调查。
6月6日，考古学家王恒杰在西沙甘泉岛发现了新石器时代的褐色夹砂陶片、陶网坠、石斧及秦汉时期的印纹陶器残片。这是西沙首次发现新石器时代及汉代文物。
1991年6月7日，国家主席杨尚昆在接受印度尼西亚记者采访时说：“中国对西沙、南沙群岛及其附近海域拥有无可争辩的主权。我们一贯主张用和平方式解决国际争端，而且主张共同开发，这符合有关各方面的利益。”
1992年
1月15日，“海南省人民政府赴南沙巡视慰问团”在曾母暗沙举行仪式，将7块刻有“海南省人民政府一九九二年一月”的主权碑投放到曾母暗沙的礁盘上。
2月5日，菲律宾驻德国大使比安弗尼多在答复德国无线电爱好者迪特时强调：黄岩岛不在菲律宾领土主权范围以内。
2月25日，《中华人民共和国领海及毗连区法》正式公布实施。该法第二条规定：“中华人民共和国的陆地领土包括中华人民共和国大陆及其沿海岛屿、台湾及其包括钓鱼岛在内的附属各岛、澎湖列岛、东沙群岛、西沙群岛、中沙群岛、南沙群岛以及其他一切属于中华人民共和国的岛屿”。
5月8日，中国海洋石油公司与美国克雷斯通（Crestone）能源公司在北京签署了在南沙群岛西部海域“万安北—21合同区”约25，255平方千米范围内联合勘探开发石油的合同。该合同于5月22日获得中国政府批准，并于6月1日开始实施。
6月5日，马来西亚和越南在科隆坡签署了“关于涉及两国大陆架的划定区域勘探和开发石油的谅解备忘录”，就双方在所谓的重叠区开展海底石油勘探和开发达成临时安排。
7月16日，中国外交部发言人在回答记者有关南沙地区紧张局势的提问时说：“南沙群岛自古以来就是中国的领土。为了维护该地区的和平与稳定，我们一再表示愿与有关国家谈判解决争端，并且提出了搁置争议，共同开发的主张”，我们“反对将该问题国际化。”
7月22日，中国成为东盟“磋商伙伴”。第25届东盟外长会议通过了《东盟南海宣言》，呼吁有关国家“实行克制”，“以和平方式，而不是诉诸武力”去解决南海争端。
1993年
4月19日，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席江泽民到西沙群岛永兴岛视察。
1994年
4月，美国克雷斯通（Crestone）公司为履行1992年5月与中国海洋石油公司签订的合同，租赁中国勘探船“实验2号”进入“万安北—21合同区”实施地震调查和油气勘探作业。越南派出武装船只疯狂进行阻挠，为避免冲突升级，中国勘探船在尚未开展作业的情况下撤离返航。
5月27日～6月7日，越南擅自在我南沙群岛的日积礁、西礁上建起两座海上导航灯塔。
6月16日，中国外交部发言人就越南派船进入中国南沙海域万安滩地区进行地球物理勘探作业指出，中国对南沙群岛及其附件海域拥有无可争辩的主权，万安滩是南沙群岛的一部分。
6月25日,以陈平为领队的中国业余无线电远征队一行8人登上了黄岩岛。
7月7日，中国外交部发言人针对越南国会6月23日通过的《关于批准1982年联合国海洋法公约的决议》，重申中国对西沙和南沙群岛的立场，指出：《决议》中“越方再次对中国西沙群岛、南沙群岛提出主权要求。对此，中方的立场是一贯的、明确的，中国对西沙群岛、南沙群岛及其附件海域拥有无可争辩的主权，中国政府完全不能接受越方的上述主权要求”。
11月19日～22日，中国国家主席江泽民对越南进行正式访问，两国发表的公报阐明了中越两国在和平解决海上冲突问题上有共同立场，为南沙群岛问题的长期解决，同意成立海上问题专家小组，进行对话和磋商。
1995年
中国在南沙群岛美济礁修建渔业避风设施，由农业部南海区渔政渔港监督管理局驻守。
5月10日，美国国务院发表了关于南沙群岛和南海问题的政策声明，表示美国对于南海主权争端的法律依据不表态，但强调保持航行自由，使所有船只和飞机不受阻碍的在南海航行，涉及到美国的根本利益。美国敦促所有各方保持克制，避免采取破坏稳定的行动。
5月13日，菲律宾军方策划并组织两艘军舰和一艘运载菲律宾和外国记者的游船编队驶往我南沙群岛美济礁进行所谓的“采访”活动。此前，中国外交部曾多次向菲方提出严正交涉，要求菲方取消这次挑衅行动。但菲方仍一意孤行，中国政府就此向菲律宾政府提出强烈抗议。
6月14日，菲律宾总统拉莫斯证实，菲律宾全国测绘和信息资源管理局开始在南沙群岛从事勘查、测绘活动。菲律宾政府还将拨款1.788亿比索在南沙群岛修建3座灯塔，这些灯塔建成后将用作确定新基线的法律基础。
1996年
4月，越南与美国杜邦公司的子公司——大陆石油公司签订了一个面积约为12，000平方千米的勘探与开采合同，其位置覆盖了“万安北—21合同区”。
5月15日，中国政府发布《中华人民共和国政府关于中华人民共和国领海基线的声明》，宣布中国大陆领海的部分基线和西沙群岛的领海基线，并表示将再行宣布其余领海基线。
5月15日，第八届全国人民代表大会做出关于批准《联合国海洋法公约》的决定。该决定同时做出包括重申对1992年2月25日颁布的《中华人民共和国领海及毗连区法》第二条所列各群岛及岛屿的主权在内的四点声明。
1997年
5月20日，广东台山“62098”号渔船和21名渔民在黄岩岛海域捕鱼作业时遭菲律宾海军“70”号军舰非法抓扣。中国政府对菲方这一无理扣押渔民的行动提出强烈抗议并要求立即释放所有渔民。
7月，菲律宾奥龙阿波市法院的法官艾利奥多罗·乌比亚塔斯驳回了菲律宾政府对21名中国渔民非法进入菲律宾海域的指控。乌比亚塔斯称，他是根据前总统马科斯1970年代颁布的一项军事管制法作出裁决的。法令界定了菲律宾的疆界，并声明在200海里专属区经济内，有主权争议的地区的问题，应由有关各方通过一项决议来解决。他表示，由于中菲之间并无任何协议界定黄岩岛的主权，“我认为提出非法入境的指控是条件不成熟的”。
12月，在东盟、中国、韩国和日本非正式首脑会议上，中国与东盟发布了一份联合声明，表示在处理南海诸岛主权问题上，各方保证以和平方式解决争议，而不诉诸武力威胁或使用武力。
1998年
中国在美济礁修建了4座钢筋混凝土结构的3层建筑，使该岛礁成为中华人民共和国的一个永久前哨。
1999年
3月5日，中国农业部发出“关于在南海海域实施新伏季休渔制度的通知”，决定自1999年开始，在北纬12°以北的南海海域（含北部湾），每年6月1日零时起至7月31日24时止，对所有拖网（含拖虾、拖贝）、围网及掺缯作业实行休渔。这是我国在南海首次实行伏季休渔。
3月，菲律宾公开宣称将在中业岛扩建机场跑道，增建军事设施。中国外交部表示强烈抗议。
3月，中菲关于在南海建立信任措施工作小组首次会议在菲律宾首都马尼拉举行。双方承诺按照国际法原则，友好协商解决分歧，不使用武力或以武力相威胁。
5月9日，菲律宾海军一艘破旧的坦克登陆舰驶往南沙仁爱礁，声称船底漏水，在仁爱礁西北侧礁坪“坐滩”。此后，中方一直向菲方交涉，要求菲方尽快拖走该舰。但菲方以“缺少零部件”为由一直未将该舰拖走，企图强化非法存在，非法侵占仁爱礁。
5月中旬，马来西亚侵占我榆亚暗沙和簸箕礁。
5月18日，中国正式照会马来西亚，要求其“纠正错误”，停止“侵犯”中国在南沙群岛及其附近海域的领土主权。
11月3日，菲律宾一艘坦克登陆舰以“机舱进水”为由在黄岩岛潟湖入口处西北侧搁浅坐滩，企图以此方式达到侵占黄岩岛的目的。经过中方的多次交涉，菲律宾于11月29日将搁浅军舰拖走。
