1986年
1月1日，中共中央总书记胡耀邦、海军司令员刘华清、广州军区政委张仲先一行到西沙群岛永兴岛视察。胡耀邦总书记在西沙博物馆和西沙工委会议室题词：“为了祖国安全，敢斗狂风恶浪！”，“开发七洲洋，保卫南海疆！”
11月～12月，马来西亚派兵先后侵占我南沙群岛的光星仔礁、南海礁及安渡滩。
1987年
2月，越南侵占我南沙群岛的柏礁。
3月，在法国巴黎召开的联合国教科文组织政府间海洋委员会第14次会议审议了全球海平面观测系统实施计划，并做出决议，在全球建立200个海洋气象观测站，其中中国政府建立5个，包括编号为74的南沙群岛海洋观测站和编号为76的西沙群岛海洋观测站。当时出席会议的越南、菲律宾等国代表团均未表示任何异议。
4月～6月，中国政府为建立南沙海洋观测站，组织多个部门赴南沙群岛海域，对数十个岛屿及附近海域进行考察，最终确定在永暑礁建立海洋观测站。
1988年
1月～3月，中国海军先后进驻南沙群岛的永暑礁、华阳礁、南薰礁、东门礁、赤瓜礁和渚碧礁等6个岛礁。
1月15日～6月28日，越南派兵先后侵占我南海诸岛中的西礁、日积礁、大现礁、无也礁、东礁、六门礁、南华礁、奈罗礁、舶兰礁、鬼喊礁、琼礁等多个岛礁。
1月～2月，中国施工部队和护航编队在永暑礁升起第一面五星红旗，正式开工建设海洋观测站。越南军队为阻挠建站施工，企图抢礁，被担任警戒任务的中国海军护卫舰编队拦截，迫于压力，越南海军被迫放弃抢占永暑礁的行动。
3月14日，越南海军派出武装人员强行登上有中方人员把守的赤瓜礁，并首先开枪射击，越南舰船也使用舰炮向停泊在附近的中国海军舰船开炮，中国海军舰船被迫进行自卫还击，击沉或击伤越南舰船3艘，掌握了主动权。赤瓜礁海战的胜利，保证了永暑礁建站工程的顺利进行。
4月13日，中国第七届全国人民代表大会第一次会议通过《关于设立海南省的决定》。海南建省后，南海诸岛归属海南省管辖，并将行政单位改称海南省西沙、南沙、中沙群岛工作委员会，直属海南省人民政府领导。
4月16日，邓小平同志在会见到访的菲律宾总统阿基诺，在谈到南沙问题时表示，“从两国友好关系出发，这个问题可先搁置一下，采取共同开发的办法”。
4月25日，中国驻联合国常任代表李鹿野向联合国秘书长提交关于中国对南海诸岛主权的声明，谴责越南入侵南沙群岛，声明中国保留在适当时机收复失地的权利。
4月25日，越南外交部发布一份题为《黄沙群岛和长沙群岛与国际法》的文件，抛出了越南当局企图长期占有中国西沙群岛和南沙群岛的观点和立场。
5月12日，中国外交部发表《关于西沙群岛、南沙群岛的备忘录》，以历史事实和国际法为依据，驳斥了越南当局的观点，重申中国对西沙群岛和南沙群岛无可争辩的主权。
8月2日，中国在南沙群岛建立的第一个海洋观测站——永暑礁海洋观测站建成，正式开始向联合国教科文组织政府间海洋委员会“全球海平面观测系统”发送月平均水位资料。
9月19日，“西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛办事处”正式更名为“海南省西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛办事处”。
10月1日，海南省邮电管理局根据中央军委和邮电部通知，在南沙群岛成立了邮政局。南沙邮局于当年11月1日正式营业，成为中国最南端的邮局。
11月，越南与英国石油公司（BP）签订115、117、118、119、120区块产品分成合同，位置分别在莺歌海盆地、西沙群岛和中建西盆地。
1989年
3月，中国成立“南沙前线指挥部”，统筹指挥南沙工事、建筑、巡逻、防卫、运补和调查等事宜。
6月，越南派兵侵占我万安滩、广雅滩和蓬勃堡。
7月，越南第八届国会第五次会议通过决议，非法将我国的南沙群岛划入越南的庆和省。
8月2日，中国南沙群岛永暑礁、赤瓜礁、华阳礁、南薰礁、渚碧礁、东门礁等6礁的主权石碑落成。
