一、行政管理与巡辖
1.管理机构的设立与完善
辛亥革命后，广东省政府把西沙群岛划归海南崖县（今三亚市）管辖。1921年3月，广州军政府为加强控制，正式将西沙群岛划归广东省崖县管辖。
1925年7月，在东、西沙岛观象台筹建过程中，北京政府海军部海岸巡防处发现日本人盘踞东沙岛与西沙群岛永兴岛等处，非法从事渔业活动，并偷采海产、盗掘岛粪等资源，提出按国际惯例制定《东沙西沙对外办法》，以立规制。
抗战胜利后，民国政府于海南岛区域设立“特别行政区”，设置海南岛行政长官公署，管辖海南岛本岛及东沙、西沙、中沙与南沙各群岛，直隶行政院。
1946年12月，国民政府接收南海诸岛后，由行政院命令将东沙、西沙、中沙和南沙四个群岛一并划入广东省政府。同时，考虑到南海诸岛只有海军戍守且属海防要区，1947年2月18日内政部呈请行政院，建议在海南岛行政特别区未成立以前暂由海军管理，并经国民政府鉴核备案。
1947年3月27日，行政院指令将南海诸岛暂交海军管理。同年，海军总司令部分别在东、西、南沙群岛设立管理处，执行各该岛军政事宜。
为履行职责，各管理处积极派人前往各岛巡辖。1947年1月15日，海军总司令部电令西沙岛气象台台长李必珍，要求其派员前往永兴岛东南各岛进行侦察，并把侦察情形具报海军总部。而在南沙群岛方面，1947年2月12日气象台台长邓清海前往南子岛登陆视察，在岛上木柱刻字留念，并把视察详情呈报海军总司令部。
1947年3月2日，邓清海派员兵6名前往北子岛巡察，在岛上搜查发现中弹美机残骸一架，并在岛上树立主权碑。
1947年7月初，国民政府行政会议正式通过《海南特别行政区行政长官公署组织法》。1949年1月21日，海南特别行政区成立，直属国民政府行政院，“计全岛面积为七七，九七O平方公里，包括该岛西南之诸群岛。” 6月6日，国民政府正式公布《海南特别行政区长官公署组织条例》与《海南建省筹备委员会组织条例》。《海南特别行政区长官公署组织条例》第一条规定：海南特区包括海南岛、东沙群岛、西沙群岛、中沙群岛、南沙群岛及其他附属岛屿。南海诸岛正式改隶该特别行政区，南海诸岛完整行政体系始行建立。
2.统一、规范南海诸岛名称与地图使用
民国初期，南海诸岛虽有名称，但官方并未统一命名。为消除南海诸岛名称及地图使用方面的混乱及不规范，民国政府于是着手对南海诸岛进行统一命名，规范地图出版。
1934年12月21日，全国地图审查委员会第25次会议审定了中国南海各岛屿中、英文岛名，并在1935年1月编印的第一期会刊上刊登了《中国南海各岛屿华英名对照表》，审定公布了南海诸岛136个岛礁名称（含4个群岛名），其中西沙群岛28个，团沙群岛(即今南沙群岛)96个。这是中国政府第一次全面公布南海诸岛地名，并且第一次由官方将南海诸岛分为东沙岛、西沙群岛、南沙群岛与团沙群岛四个部分。
在中法交涉“九小岛”事件过程中，中国政府发现有关地图的使用缺乏规范。民国政府加强地图审查，并要求各地必须采用相关部委审查通过的地图。
1947年8月8日，内政部方域司根据实地勘测结果并参考先前资料，绘制南海诸岛位置图、西沙群岛图、中沙群岛图、团沙群岛图、太平岛图、永兴岛图及石岛图、南海诸岛新旧名称对照表各一份。其中太平岛、永兴岛及石岛图是内政部接收人员所实测，经国民政府核准，予以备案。
此后，上述南海诸岛位置图及南海诸岛新旧名称对照表由内政部方域司出版，国防部测量局代印。1947年12月1日，内政部正式核定南海中属于中国领土的东沙、西沙、中沙、南沙四群岛及各岛屿礁滩之名称。此次命名将“南海各岛屿”改为“南海诸岛”，两个“东沙岛”之一改为“东沙群岛”，同时为使南海四群岛的名称符合其位置起见，将团沙群岛改名为南沙群岛，将南沙群岛改称中沙群岛，使得各群岛关系和等级层次更为协调。此次中国政府重新核定南海诸岛172个地名（含12个群体名），并注明其中一些地名的意义。
