明朝（公元1368-1644年）《琼台志》卷二一，“海道篇·海防”记载：
“洪武二十年，海寇登海口岸，指挥花茂奏设城池，移后千户所官军守御。
二十三年，海寇登昌化棋子湾岸，指挥桑昭奏筑昌化千户所城池隄备。
二十四年，指挥桑昭以清澜海港临大海，尝有倭寇泊舟侵掠居民，奏立守御所军一千名以备御。
二十五年，倭船侵掠万州，指挥桑昭奏拨军一千名，委千户俞凯董领，筑城守御。
二十七年，以南山滨临大海，尝有倭寇泊舟登岸，都指挥花茂奏设千户所，拨官军一千员名守御。
二十七年，都指挥花茂迁调嚣巡检司于太平都南窘村，以防海寇。”
明代各巡检司散布分列，设立官卫指挥一名，专职巡海，明朝已建立了一套指挥、防御系统和海疆管理系统。
