1959年3月24日，海南行政区在西沙群岛的永兴岛设立“西、南、中沙群岛办事处”。1969年3月4日，“西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛办事处”更名为“广东省西沙、南沙、中沙群岛革命委员会”。1976年8月，中国南海舰队成立西沙水警区，担负起西沙日常守备任务。
1981年11月6日，国务院批准将西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛革命委员会改为“广东省西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛办事处”（县级），作为广东省人民政府的派出办事机构，由广东省海南行政区公署直接领导。1983年4月，中国地名委员会受权公布南海诸岛部分标准地名，总共287个。1984年5月31日，中国决定设立海南行政区，将西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛改由海南行政区管辖。1988年4月13日，中国第七届全国人民代表大会第一次会议通过《关于设立海南省的决定》。海南建省后，南海诸岛归属海南省管辖，并将行政单位改称海南省。1988年9月19日，“西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛办事处”正式更名为“海南省西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛办事处”。1989年3月，中国成立“南沙前线指挥部”，统筹指挥南沙工事、建筑、巡逻、防卫、运补和调查等事宜。8月2日，中国南沙群岛永暑礁、赤瓜礁、华阳礁、南薰礁、渚碧礁、东门礁等6礁的主权石碑落成。
2006年12月25日，西沙工委组织召开西沙群岛永兴岛驻岛居民、渔民大会，选举产生3名村委会主任，管理永兴居民委员会。2009年11月8日，西沙永兴岛和赵述岛两个村召开了村民大会，选举成立了中国最南端的基层组织——西南中沙群岛办事处永兴岛村委会和赵述岛村委会。
2012年6月21日，中华人民共和国民政部发布《民政部关于国务院批准设立地级三沙市的公告》：国务院于近日批准，撤销海南省西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛办事处，设立地级三沙市，管辖西沙群岛、中沙群岛、南沙群岛的岛礁及其海域。三沙市人民政府驻西沙永兴岛。同年7月23日，海南省三沙市第一届人民代表大会在西沙永兴岛召开，依法选举产生三沙市市级权力机构。
